Таинственный Тибериан с чужеродной кристаллической структурой, бродивший по земле десятилетия, стал причиной непрекращающихся конфликтов между двумя противоположными фракциями GDI и НОД в отношении принятия планеты, не располагающей пригодными условиями для жизни. Отчаянный и маловероятный союз пытается остановить проблему вымирания человечества на Тибериане.
Игра располагает новой боевой техникой и новыми возможностями. Одним из новшеств является режим, поддерживающий использование паузы, во время которой можно обдумать военную тактику.